La nascita del Museo Anatomico è legata alla volontà di Francesco IV arciduca d’Austria Este che nel 1817 decise di ampliare gli spazi destinati all’insegnamento delle discipline mediche
Musei Universitari
Il Laboratorio delle Macchine Matematiche è un centro di ricerca del Dipartimento di Educazione e Scienze Umane sulla didattica della matematica.
Il Museo Astronomico e Geofisico si trova presso la storica sede dell'Osservatorio Geofisico e precisamente nel torrione di levante del Palazzo Ducale.
Le raccolte zoologiche comprendono circa 3.500 vertebrati naturalizzati (uccelli, mammiferi, pesci, rettili), di cui un centinaio appartenenti alla fauna vertebrata del Modenese; circa 1.000 vertebrati conservati sotto liquido (pesci e rettili in particolare), 250 scheletri e parti anatomiche di vertebrati, varie centinaia di invertebrati conservati in alcool o formalina.
Il Museo di Paleontologia, fondato nel 1776 per volere del Duca Francesco III D’Este, nasce come parte integrante del Museo di Storia Naturale.
Il Museo di Storia Naturale, sorge nel 1786 in seguito al lascito del vescovo di Modena Giuseppe Maria Fogliani appassionato naturalista.